Công văn nêu rõ, các đơn vị sự nghiệp công lập, các trung tâm đào tạo và dạy nghề cần cập nhật thường xuyên chính sách thuế qua các thời kỳ và thực hiện đăng ký thuế, kê khai, nộp thuế TNCN, GTGT, TNDN, lệ phí môn bài đối với các đơn vị và khoản thu từ học phí chính quy và các khoản thu khác theo quy định của pháp luật thuế.
Cụ thể, về đăng ký thuế, các đơn vị chưa thực hiện đăng ký thuế cần thực hiện đăng ký theo quy định tại Luật Quản lý Thuế và Thông tư liên quan. Về lệ phí môn bài, các đơn vị phải kê khai và nộp lệ phí môn bài theo Nghị định 139/2016/NĐ-CP và các Thông tư hướng dẫn.
Đối với thuế Thu nhập cá nhân (TNCN), các đơn vị thực hiện kê khai theo Thông tư 80/2021/TT-BTC và Thông tư 111/2013/TT-BTC.
Về thuế Giá trị gia tăng (GTGT), hoạt động dạy học và dạy nghề không chịu thuế GTGT. Đối với các hoạt động khác có thu nhập chịu thuế GTGT, các đơn vị phải kê khai và nộp thuế đúng quy định.
Đối với cơ sở giáo dục công lập tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có kỳ tính thuế từ tháng 01/2022 (hoặc Q1/2022) đến nay, các đơn vị kê khai theo Mẫu số 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Đối với cơ sở giáo dục công lập tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu có kỳ tính thuế từ tháng 01/2022 (hoặc Q1/2022) đến nay, các đơn vị kê khai theo Mẫu số 04/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021 /TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Trường hợp các đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục và đào tạo vừa có hoạt động dạy học, dạy nghề (đối tượng không chịu thuế GTGT); vừa cung cấp các hàng hóa, dịch vụ khác ngoài hoạt động dạy học, dạy nghề nêu trên (đối tượng chịu thuế GTGT) thì phải nộp hồ sơ khai thuế GTGT.
Đối với thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN), đối với cơ sở giáo dục tính thuế theo quy định tại Khoản 1 Điều 3 Thông tư số 123/2012/TT-BTC ngày 27/07/2012 và Khoản 1, Điều 3, Chương II, Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính quy định “thu nhập tính thuế trừ đi phần trích lập quỹ khoa học và công nghệ (nếu có) nhân với thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp”.
Đối với cơ sở giáo dục tính thuế theo Phương pháp tỷ lệ trên doanh thu, đối với kỳ tính thuế từ năm 2021, các đơn vị thực hiện kê khai tờ khai quyết toán TNDN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/09/2021 của Bộ Tài chính (Tờ khai mẫu 04/TNDN).
Về sử dụng hóa đơn, các đơn vị phải lập hóa đơn khi cung cấp dịch vụ và tuân thủ thời điểm xuất hóa đơn theo quy định tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP.
Đối với các đơn vị ngoài công lập, về việc đăng ký, kê khai, nộp lệ phí môn bài, thuế GTGT, Thu nhập cá nhân, thuế Thu nhập doanh nghiệp, các đơn vị, trung tâm dạy học, dạy nghề ngoài công lập thực hiện như hướng dẫn đối với các đơn vị dạy học, dạy nghề công lập.
Trường hợp các đơn vị ngoài công lập đã thực hiện khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ và hạch toán được thu nhập chịu thuế, chi phí thì thực hiện kê khai tờ khai quyết toán TNDN ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính (Tờ khai mẫu 03/TNDN).
